メールで届いた請求書をアップロードした後、元のメールは消してもいいですか？

元のメールや添付ファイルも、一定期間残しておくことを推奨します。 

本システムにアップロードした時点で、電帳法上の「保存」は成立しますが、万が一のアップロード漏れや入力ミス、通信トラブルに備え、元データ（受信メール）もバックアップとして保持しておくのが実務上安全です。