システム以外に、税務調査に備えて準備しておくべき書類はありますか？

はい、このヘルプに加えて、「事務処理規定」などの社内ルールを定めた書類の備え付けが必要です。 これは「私たちはこのようなルールでデータを運用・管理しています」という方針を示すための書類です。

ヒント： 国税庁のホームページ等で公開されているサンプルを元に、貴社の運用に合わせた規定を作成し、いつでも提示できるようにしてください。